Fin dalla sua fondazione, MEDSEA ha portato avanti diverse importanti collaborazioni con entità private (Edilana, Castalia, IED) e autorità pubbliche (Comuni, Aree Marine Protette, Autorità dei parchi, Governi, Istituzioni internazionali) a livello regionale, nazionale e internazionale nel bacino del Mediterraneo e oltre (Sao Tome e Principe).

Ha sviluppato progetti sul turismo sostenibile, gestione integrata delle zone costiere, valutazione del ciclo di vita, gestione dei rifiuti costieri, protezione e conservazione delle aree di ecosistema marino e zone umide e per l'organizzazione di corsi di formazione ed eventi di comunicazione.